Tartalom betöltése...
HÍREK

Búza genomikai eredmények

A „Régi búza genotípusok minőségének jellemzése és felhasználása a piacorientált nemesítésben” című AGR_PIAC_13-1-2013-0074 számú pályázat búza genomikai eredményeinek összefoglalója.
DNS új generációs szekvenálások
Hat Bánkuti búzavonal, amelyeknek tartalékfehérje allélösszetétele az alábbi táblázatban látható, exomjának, azaz a gének kódoló régióinak, feltérképezését végeztük el új generációs szekvenálással.
Vonal HMW-glutenin LMW-glutenin Gliadin
Glu-A1 Glu-B1 Glu-D1 Glu-A3 Glu-B3 Glu-D3 Gli-A1 Gli-B1 Gli-D1
B27 1 7+8 2+12 f i c m m g
B35 2*B 7+8 2+12 f i c m m a
B36 1 6+8 5+10 a i a a m b
B41 1 7+8 2+12 d g a e m g
B44 2*B 7+9 2+12 a b c a b g
B52 2*B 7+8 2+12 f i c m m a
 
A szekvenálás során összesen kapott 56.832.323 db 50 bp-os szekvenciát bioinformatikai módszerekkel elemeztük
Minta Összes read-ek száma Illesztett read-ek száma Illesztett read-ek százaléka Exom capture próbákra illesztett read-ek száma Exom capture próbákra illesztett read-ek százaléka
B27 10100442 9029865 89,4% 3878738 43,0%
B35 10195313 9234020 90,6% 3792176 41,1%
B36 8726939 6976223 79,9% 2894178 41,5%
B41 9374357 7810952 83,3% 3780720 48,4%
B44 8479110 8371580 98,7% 3316957 39,6%
B52 9956162 7624192 76,6% 3911424 51,3%
 
és az alábbi példa szerint exom régiókra illesztettük.

Hét glutenin géneket hordozó genomi régióban összesen 199 genetikai variációt azonosítottunk. Glutenin gének szekvencia elemzéseivel DNS_alapú PCR markert fejlesztettünk a By8 és By9 glutenin allélokra, amely marker a nemesítés korai szakaszában lehet hasznosítani. A markert 21 Bánkúti és 35 nem Bánkúti vonalon teszteltük.
RNS új generációs szekvenálások
A Bánkúti búza szemtermés érése biológiai hátterének felderítéséhez elvégeztük két Bánkúti, és összehasonlításképpen egy tönkölybúza vonal, 10, 20 és 30 napos
fejlődő szemterméseinek miRNS és mRNS-einek új generációs szekvenálását.
 
A kapott adatokat bioinformatikai módszerekkel elemeztük. A különböző korú szemtermésekben meghatározott expressziójuk alapján klasztereztük az azonosított
miRNS-eket

és mRNS-eket

A szabályozási kapcsolatok felderítésére ellentétes lefutású klaszterekbe tartózó olyan miRNS és mRNS párokat kerestünk, amelyekben a mRNS-ben megtalálható a miRNS célszekvenciája.

Több fontos miRNS térbeli eloszlását vizsgáltuk fejlődő szemtermések szövettani metszetein.

A projekt során született tudományos publikációk
 
Bálint Jeannette, Kis András, Taller Dénes, Nagy Tibor, Barta Endre, Molnár János, Tusnády E. Gábor, Marincs Ferenc és Havelda Zoltán (2015) Az RNS interferencia szerepe a növények patogénekkel szembeni védekezésében és a fejlődésbiológiai folyamatokban. Növényvédelem 51:539-549.
 
Frank K, Miró K, Nagy T, Kis A, Barta E, Havelda Z, Burgyán J, Marincs F (2016) Nagy molekulasúlyú glutenin gének allélikus variánsainak kimutatása Bánkuti búzában. XXII. Növénynemesítési Tudományos Nap, Szerkesztők: Veisz Ottó és Polgár Zsolt, MTA, Budapest, p. 81.; ISBN 978-963-396-085-1.
 
Tibor Nagy, András Kis, Szilárd Poliska, Endre Barta, Zoltán Havelda and Ferenc Marincs (2016) Comparison of small RNA next-generation sequencing with and without isolation of small RNA fraction. BioTechniques 60:270-278.
 
Endre Barta, Zsófia Bánfalvi, Zoltán Havelda, László Hiripi, Zsigmond Jeney, János Kiss, Balázs Kolics, Ferenc Marincs, Dániel Silhavy, Viktor Stéger, Éva Várallyay (2016) Agricultural genomics: an overview of the Next Generation Sequencing projects at the NARIC-Agricultural Biotechnology Institute in Gödöllő. Hungarian Agricultural Research 25:10-21.