HÍREK
Búza genomikai eredmények
A „Régi búza genotípusok minőségének jellemzése és felhasználása a piacorientált nemesítésben” című AGR_PIAC_13-1-2013-0074 számú pályázat búza genomikai eredményeinek összefoglalója.
DNS új generációs szekvenálások
Hat Bánkuti búzavonal, amelyeknek tartalékfehérje allélösszetétele az alábbi táblázatban látható, exomjának, azaz a gének kódoló régióinak, feltérképezését végeztük el új generációs szekvenálással.
A szekvenálás során összesen kapott 56.832.323 db 50 bp-os szekvenciát bioinformatikai módszerekkel elemeztük
és az alábbi példa szerint exom régiókra illesztettük.
Hét glutenin géneket hordozó genomi régióban összesen 199 genetikai variációt azonosítottunk. Glutenin gének szekvencia elemzéseivel DNS_alapú PCR markert fejlesztettünk a By8 és By9 glutenin allélokra, amely marker a nemesítés korai szakaszában lehet hasznosítani. A markert 21 Bánkúti és 35 nem Bánkúti vonalon teszteltük.
RNS új generációs szekvenálások
A Bánkúti búza szemtermés érése biológiai hátterének felderítéséhez elvégeztük két Bánkúti, és összehasonlításképpen egy tönkölybúza vonal, 10, 20 és 30 napos
fejlődő szemterméseinek miRNS és mRNS-einek új generációs szekvenálását.
A kapott adatokat bioinformatikai módszerekkel elemeztük. A különböző korú szemtermésekben meghatározott expressziójuk alapján klasztereztük az azonosított
miRNS-eket
és mRNS-eket
A szabályozási kapcsolatok felderítésére ellentétes lefutású klaszterekbe tartózó olyan miRNS és mRNS párokat kerestünk, amelyekben a mRNS-ben megtalálható a miRNS célszekvenciája.
Több fontos miRNS térbeli eloszlását vizsgáltuk fejlődő szemtermések szövettani metszetein.
A projekt során született tudományos publikációk
Bálint Jeannette, Kis András, Taller Dénes, Nagy Tibor, Barta Endre, Molnár János, Tusnády E. Gábor, Marincs Ferenc és Havelda Zoltán (2015) Az RNS interferencia szerepe a növények patogénekkel szembeni védekezésében és a fejlődésbiológiai folyamatokban. Növényvédelem 51:539-549.
Frank K, Miró K, Nagy T, Kis A, Barta E, Havelda Z, Burgyán J, Marincs F (2016) Nagy molekulasúlyú glutenin gének allélikus variánsainak kimutatása Bánkuti búzában. XXII. Növénynemesítési Tudományos Nap, Szerkesztők: Veisz Ottó és Polgár Zsolt, MTA, Budapest, p. 81.; ISBN 978-963-396-085-1.
Tibor Nagy, András Kis, Szilárd Poliska, Endre Barta, Zoltán Havelda and Ferenc Marincs (2016) Comparison of small RNA next-generation sequencing with and without isolation of small RNA fraction. BioTechniques 60:270-278.
Endre Barta, Zsófia Bánfalvi, Zoltán Havelda, László Hiripi, Zsigmond Jeney, János Kiss, Balázs Kolics, Ferenc Marincs, Dániel Silhavy, Viktor Stéger, Éva Várallyay (2016) Agricultural genomics: an overview of the Next Generation Sequencing projects at the NARIC-Agricultural Biotechnology Institute in Gödöllő. Hungarian Agricultural Research 25:10-21.
DNS új generációs szekvenálások
Hat Bánkuti búzavonal, amelyeknek tartalékfehérje allélösszetétele az alábbi táblázatban látható, exomjának, azaz a gének kódoló régióinak, feltérképezését végeztük el új generációs szekvenálással.
| Vonal | HMW-glutenin | LMW-glutenin | Gliadin | ||||||
| Glu-A1 | Glu-B1 | Glu-D1 | Glu-A3 | Glu-B3 | Glu-D3 | Gli-A1 | Gli-B1 | Gli-D1 | |
| B27 | 1 | 7+8 | 2+12 | f | i | c | m | m | g |
| B35 | 2*B | 7+8 | 2+12 | f | i | c | m | m | a |
| B36 | 1 | 6+8 | 5+10 | a | i | a | a | m | b |
| B41 | 1 | 7+8 | 2+12 | d | g | a | e | m | g |
| B44 | 2*B | 7+9 | 2+12 | a | b | c | a | b | g |
| B52 | 2*B | 7+8 | 2+12 | f | i | c | m | m | a |
A szekvenálás során összesen kapott 56.832.323 db 50 bp-os szekvenciát bioinformatikai módszerekkel elemeztük
| Minta | Összes read-ek száma | Illesztett read-ek száma | Illesztett read-ek százaléka | Exom capture próbákra illesztett read-ek száma | Exom capture próbákra illesztett read-ek százaléka |
| B27 | 10100442 | 9029865 | 89,4% | 3878738 | 43,0% |
| B35 | 10195313 | 9234020 | 90,6% | 3792176 | 41,1% |
| B36 | 8726939 | 6976223 | 79,9% | 2894178 | 41,5% |
| B41 | 9374357 | 7810952 | 83,3% | 3780720 | 48,4% |
| B44 | 8479110 | 8371580 | 98,7% | 3316957 | 39,6% |
| B52 | 9956162 | 7624192 | 76,6% | 3911424 | 51,3% |
és az alábbi példa szerint exom régiókra illesztettük.
Hét glutenin géneket hordozó genomi régióban összesen 199 genetikai variációt azonosítottunk. Glutenin gének szekvencia elemzéseivel DNS_alapú PCR markert fejlesztettünk a By8 és By9 glutenin allélokra, amely marker a nemesítés korai szakaszában lehet hasznosítani. A markert 21 Bánkúti és 35 nem Bánkúti vonalon teszteltük.
RNS új generációs szekvenálások
A Bánkúti búza szemtermés érése biológiai hátterének felderítéséhez elvégeztük két Bánkúti, és összehasonlításképpen egy tönkölybúza vonal, 10, 20 és 30 naposfejlődő szemterméseinek miRNS és mRNS-einek új generációs szekvenálását.
A kapott adatokat bioinformatikai módszerekkel elemeztük. A különböző korú szemtermésekben meghatározott expressziójuk alapján klasztereztük az azonosított
miRNS-eket
és mRNS-eket
A szabályozási kapcsolatok felderítésére ellentétes lefutású klaszterekbe tartózó olyan miRNS és mRNS párokat kerestünk, amelyekben a mRNS-ben megtalálható a miRNS célszekvenciája.
Több fontos miRNS térbeli eloszlását vizsgáltuk fejlődő szemtermések szövettani metszetein.
A projekt során született tudományos publikációk
Bálint Jeannette, Kis András, Taller Dénes, Nagy Tibor, Barta Endre, Molnár János, Tusnády E. Gábor, Marincs Ferenc és Havelda Zoltán (2015) Az RNS interferencia szerepe a növények patogénekkel szembeni védekezésében és a fejlődésbiológiai folyamatokban. Növényvédelem 51:539-549.
Frank K, Miró K, Nagy T, Kis A, Barta E, Havelda Z, Burgyán J, Marincs F (2016) Nagy molekulasúlyú glutenin gének allélikus variánsainak kimutatása Bánkuti búzában. XXII. Növénynemesítési Tudományos Nap, Szerkesztők: Veisz Ottó és Polgár Zsolt, MTA, Budapest, p. 81.; ISBN 978-963-396-085-1.
Tibor Nagy, András Kis, Szilárd Poliska, Endre Barta, Zoltán Havelda and Ferenc Marincs (2016) Comparison of small RNA next-generation sequencing with and without isolation of small RNA fraction. BioTechniques 60:270-278.
Endre Barta, Zsófia Bánfalvi, Zoltán Havelda, László Hiripi, Zsigmond Jeney, János Kiss, Balázs Kolics, Ferenc Marincs, Dániel Silhavy, Viktor Stéger, Éva Várallyay (2016) Agricultural genomics: an overview of the Next Generation Sequencing projects at the NARIC-Agricultural Biotechnology Institute in Gödöllő. Hungarian Agricultural Research 25:10-21.
